وُلد محمد حلمي في الخرطوم عام 1901 لأبوين مصريين، وقرر الهجرة إلى ألمانيا في عام 1922 لمتابعة دراسته في الطب، حيث استقر في العاصمة برلين. يُذكر أن والده كان ضابطًا في الجيش المصري في ذلك الوقت.
بعد إتمام دراسته، انضم حلمي إلى معهد روبرت كوخ للأبحاث الطبية. لكنه في عام 1937، تعرض للطرد من المعهد بسبب التمييز العنصري الذي كان يمارس ضد الأشخاص غير الألمان، حيث كان يُعتبر غير جنسيتهم آنذاك.
شهدت حياة حلمي صراعات عدة نتيجة تمييزه العنصري، حيث منع من العمل في نظام الصحة العامة ومن الزواج من خطيبته الألمانية. وفي عام 1939، تم اعتقاله بسبب تورطه في محاولة مبادلة بريطانيا لعدد من المصريين السجناء، ولكنه أُطلق سراحه بعد عام بسبب عدم توافق بريطانيا على تلك المبادلة.
ومع ذلك، تم تكريم محمد حلمي عرفانًا بدوره الإنساني الكبير، حيث قام بإنقاذ عائلة يهودية خلال فترة "الهولوكوست". واعترفت "ياد فاشيم"، المؤسسة الإسرائيلية المعنية بتوثيق فظائع الهولوكوست وتخليد ضحاياه، بتميزه في عام 2013 بمنحه لقب "الصالح بين الأمم". وبهذا التكريم، أصبح حلمي أول عربي يحصل على هذا اللقب.
على الرغم من تأخر تكريمه بسبب رفض عائلته في البداية حضور حفل التكريم وتلقي الوسام، نظرًا للعلاقات غير الودية بين إسرائيل ومصر، إلا أنهم قبلوا في النهاية وشرطوا أن يتم التكريم في مبنى الخارجية الألمانية بحضور ممثلين عن إسرائيل ومصر.